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| 3回戦 | ホーム | アウェイ | 競技場 | ||||
| 10/08 | 13:00 | 札幌 | 3 | - | 1 | 新日鉄大分 | 室蘭 |
| 13:00 | ホンダＦＣ | 1 | - | 0 | 高知大 | 都田 | |
| 13:00 | 愛媛 | 2 | - | 0 | びわこ成蹊スポーツ大 | 愛媛陸 | |
| 13:00 | 烏栖 | 4 | - | 3 | 立命大 | 佐賀 | |
| 13:00 | 山形 | 6 | - | 2 | 三菱自動車水島 | 山形県 | |
| 13:00 | 湘南 | 4 | - | 1 | 関大 | 平塚 | |
| 13:00 | 草津 | 3 | - | 0 | ＦＣ岐阜 | 群馬サ | |
| 13:00 | 徳島 | 4 | - | 1 | 宮崎産業経営大 | 徳島球 | |
| 13:00 | 横浜Ｃ | 0 | - | 1 | バンディオンセ神戸 | 三ツ沢 | |
| 13:00 | 東京Ｖ | 0 | - | 1 | 栃木ＳＣ | 味スタ | |
| 13:00 | 仙台 | 1 | - | 0 | ロッソ熊本 | ユアスタ | |
| 13:00 | 水戸 | 0 | - | 1 | 静岡ＦＣ | ひたちなか | |
| 13:00 | 神戸 | 2 | - | 4 | ＹＫＫ ＡＰ | 富山 | |
| 13:00 | 柏 | 3 | - | 0 | 法大 | 柏 | |
| 4回戦 | ホーム | アウェイ | 競技場 | ||||
| 11/04 | 13:00 | 浦 和 | 5 | - | 0 | 静岡ＦＣ | 駒 場 |
| 13:00 | 福 岡 | 1 | 4 PK 3 | 1 | 京 都 | 博多球 | |
| 13:00 | 磐 田 | 1 | 9 PK 8 | 1 | 柏 | ヤマハ | |
| 13:00 | Ｇ大阪 | 2 | - | 1 | 湘 南 | 万 博 | |
| 13:00 | 広 島 | 3 | - | 0 | Ｃ大阪 | 鳥 取 | |
| 13:00 | 川 崎 | 3 | - | 0 | 烏 栖 | 等々力 | |
| 13:00 | 新 潟 | 2 | - | 0 | 徳 島 | 新潟Ｓ | |
| 11/05 | 13:00 | 大 宮 | 2 | - | 1 | ＹＫＫ ＡＰ | 秋田陸 |
| 13:00 | 名古屋 | 1 | - | 0 | 仙 台 | 瑞穂陸 | |
| 13:00 | 清 水 | 6 | - | 4 | 栃木ＳＣ | 日本平 | |
| 13:00 | Ｆ東京 | 7 | - | 0 | バンディオンセ神戸 | 味スタ | |
| 13:00 | 大 分 | 4 | - | 1 | 草 津 | 九石ド | |
| 13:00 | 横浜Ｍ | 1 | - | 0 | 愛 媛 | 三ツ沢 | |
| 13:00 | 甲 府 | 3 | - | 2 | 山 形 | 山梨小瀬 | |
| 11/08 | 19:00 | 千 葉 | 0 | - | 1 | 札 幌 | フクアリ |
| 19:00 | 鹿 島 | 4 | - | 0 | ホンダＦＣ | カシマ | |
| 5回戦 | ホーム | アウェイ | 競技場 | ||||
| 12/09 | 13:00 | 大 宮 | 0 | - | 1 | 磐 田 | ヤマハ |
| 13:00 | 鹿 島 | 2 | - | 1 | 名古屋 | カシマ | |
| 13:00 | 清 水 | 3 | - | 2 | Ｆ東京 | 桃太郎 | |
| 13:00 | Ｇ大阪 | 4 | - | 2 | 広 島 | 神戸ユ | |
| 13:00 | 大 分 | 1 | 2 PK 4 | 1 | 横浜Ｍ | 長崎 | |
| 13:00 | 川 崎 | 2 | - | 5 | 甲 府 | 丸亀 | |
| 13:00 | 札 幌 | 2 | 8 PK 7 | 2 | 新 潟 | フクアリ | |
| 12/16 | 13:00 | 浦 和 | 3 | - | 0 | 福 岡 | 埼玉ス |
| 準々決勝 | ホーム | アウェイ | 競技場 | ||||
| 12/23 | 13:00 | 浦 和 | 3 | 10 PK 9 | 3 | 磐 田 | 埼玉ス |
| 15:00 | 鹿 島 | 3 | - | 2 | 清 水 | 熊本県 | |
| 15:00 | Ｇ大阪 | 3 | - | 1 | 横浜Ｍ | 神戸ユ | |
| 13:00 | 甲 府 | 0 | - | 2 | 札 幌 | ユアスタ | |
| 準決勝 | ホーム | アウェイ | 競技場 | ||||
| 12/29 | 15:00 | 浦 和 | 2 | - | 1 | 鹿 島 | 国 立 |
| 13:00 | Ｇ大阪 | 2 | - | 1 | 札 幌 | エコバ | |
| 決勝戦 | ホーム | アウェイ | 競技場 | ||||
| 1/1 | 14:00 | 浦 和 | 1 | - | 0 | Ｇ大阪 | 国 立 |
| データ |
| 2005天皇杯結果 |
| 2004天皇杯結果 |
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