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出場チーム： |
| 2回戦 | ホーム | アウェイ | 競技場 | ||||
| 09/05（土） | 18:00 | 湘 南 | 4 | - | 3 | 桐蔭横浜大学 | BMWス |
| 09/05（土） | 16:00 | 松 本 | 2 | - | 1 | 金 沢 | 松 本 |
| 09/05（土） | 19:00 | 大 分 | 3 | - | 0 | 長 崎 | 大銀ド |
| 10/11（日） | 13:00 | 横浜Ｍ | 3 | EX | 1 | ＭＩＯびわこ滋賀 | 日産スタ |
| 09/09（水） | 19:00 | 鹿 島 | 3 | - | 1 | 琉 球 | カシマ |
| 09/05（土） | 18:00 | 水 戸 | 2 | - | 1 | 北九州 | K'sスタ |
| 09/05（土） | 15:00 | 甲 府 | 3 | - | 2 | 順天堂大学 | 中銀スタ |
| 09/05（土） | 18:00 | ＦＣ大阪 | 2 | EX | 3 | 愛 媛 | 金鳥スタ |
| 09/05（土） | 19:00 | 鳥 栖 | 4 | - | 0 | ヴェルスパ大分 | ベアスタ |
| 09/05（土） | 13:00 | 札 幌 | 1 | - | 0 | 横浜Ｃ | 札幌厚別 |
| 09/09（水） | 19:00 | 新 潟 | 4 | - | 0 | 秋 田 | デンカS |
| 09/05（土） | 18:00 | 徳 島 | 1 | - | 0 | 岐阜SECOND | 鳴門大塚 |
| 09/09（水） | 19:00 | 清 水 | 2 | - | 4 | 藤 枝 | アイスタ |
| 09/05（土） | 19:00 | 山 形 | 3 | - | 1 | 讃 岐 | NDソタ |
| 09/05（土） | 15:00 | 広 島 | 8 | - | 0 | 広島経済大学 | 福 山 |
| 09/09（水） | 19:00 | 熊 本 | 1 | - | 0 | 鳥 取 | うまスタ |
| 09/09（水） | 19:00 | 名古屋 | 0 | - | 1 | 町 田 | 名古屋港 |
| 09/05（土） | 18:00 | 磐 田 | 0 | - | 1 | 福 岡 | ヤマハ |
| 09/06（日） | 15:00 | 仙 台 | 3 | - | 2 | 仙台大学 | ユアスタ |
| 09/06（日） | 18:00 | 大 宮 | 3 | - | 1 | 東京Ｖ | NACK |
| 09/05（土） | 19:00 | 川 崎 | 3 | - | 0 | 松江シティFC | 等々力 |
| 09/06（日） | 19:00 | 京 都 | 4 | - | 0 | 流通経済大学 | 西京極 |
| 09/09（水） | 19:00 | 神 戸 | 5 | - | 0 | 長 野 | 神戸ユ |
| 09/06（日） | 18:00 | 千 葉 | 1 | - | 0 | 岐 阜 | フクアリ |
| 3回戦 | ホーム | アウェイ | 競技場 | ||||
| 10/10（土） | 14:00 | 湘 南 | 2 | 3 | 松 本 | BMWス | |
| 10/14（水） | 19:00 | 大 分 | 0 | 1 | 横浜Ｍ | 大銀ド | |
| 19:00 | 鹿 島 | 0 | 2PK3 | 0 | 水 戸 | カシマ | |
| 19:00 | 甲 府 | 1 | 0 | 愛 媛 | 中銀スタ | ||
| 19:00 | 鳥 栖 | 0 | 2PK1 | 0 | 札 幌 | ベアスタ | |
| 19:00 | 新 潟 | 1 | 2 | 徳 島 | デンカS | ||
| 19:00 | 藤 枝 | 1 | 2 | 山 形 | NDソタ | ||
| 19:00 | 広 島 | 1 | 0 | 熊 本 | Ｅスタ | ||
| 19:00 | 町 田 | 2 | 0 | 福 岡 | レベスタ | ||
| 19:00 | 仙 台 | 4 | 3 | 大 宮 | ユアスタ | ||
| 19:00 | 川 崎 | 3 | 0 | 京 都 | 等々力 | ||
| 19:00 | 神 戸 | 1 | 0 | 千 葉 | 神戸ユ | ||
| 4回戦 | ホーム | アウェイ | 競技場 | ||||
| 11/14（土） | 15:30 | 神 戸 | 1 | 0 | 横浜Ｍ | ノエスタ | |
| 11/11（水） | 19:00 | 町 田 | 1 | 7 | 浦 和 | 熊 谷 | |
| 11/14（土） | 13:00 | 仙 台 | 2 | 1 | 松 本 | ユアスタ | |
| 11/15（日） | 13:00 | 柏 | 2 | 1 | 甲 府 | 柏 | |
| 15:30 | 川 崎 | 0 | 2 | Ｇ大阪 | 万 博 | ||
| 11/14（土） | 17:30 | 鳥 栖 | 4 | 3 | 山 形 | ベアスタ | |
| 11/11（水） | 19:00 | Ｆ東京 | 2 | 0 | 水 戸 | 味スタ | |
| 19:00 | 徳 島 | 1 | 2 | 広 島 | 鳴門大塚 | ||
| 準々決勝 | ホーム | アウェイ | 競技場 | ||||
| 12/26（土） | 13:00 | 神 戸 | 0 | 3 | 浦 和 | ヤンマー | |
| 13:00 | 仙 台 | 3 | 3PK3 | 3 | 柏 | ユアスタ | |
| 15:00 | Ｇ大阪 | 3 | 1 | 鳥 栖 | 万 博 | ||
| 15:00 | Ｆ東京 | 1 | 2 | 広 島 | 長崎県立 | ||
| 準決勝 | ホーム | アウェイ | 競技場 | ||||
| 12/29（火） | 13:05 | 浦 和 | 1 | 0 | 柏 | 味スタ | |
| 15:05 | Ｇ大阪 | 3 | 0 | 広 島 | ヤンマー | ||
| 決勝 | ホーム | アウェイ | 競技場 | ||||
| 1/1（金） | 14:15 | 浦 和 | 1 | 2 | Ｇ大阪 | 味スタ |
| データ | |
| 2009天皇杯結果 | 2014天皇杯結果 |
| 2008天皇杯結果 | 2013天皇杯結果 |
| 2007天皇杯結果 | 2012天皇杯結果 |
| 2006天皇杯結果 | 2011天皇杯結果 |
| 2005天皇杯結果 | 2010天皇杯結果 |
| 2004天皇杯結果 | |
| 各種データ |
| 出場停止 |
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